Cet entité s'étend sur 6,9 ha sur la commune de Rully.
Depuis 1991, 7 espèces de chauves-souris ont été observées dans ce site, dont le Petit rhinolophe. Cette espèce représente tout l’intérêt de ce site (jusqu’à 20
individus durant l’hiver 2008).
De plus, les grottes d’Agneux s’intègrent dans un réseau de sites accueillant le Petit rhinolophe, avec les carrières souterraines de Saint-Hilaire à Fontaines et la grotte du Rabot à Chassey-le-Camp.
Parmi le réseau de 9 cavités naturelles du site des Grottes d'Agneux, la présence de chauves-souris a été décelée dans 4 d’entre elles.
